25 января 1994 года «Саентологическая церковь г. Москвы» была зарегистрирована как религиозная организация. Аффилированными с саентологами организациями являются «Офис особых дел», "Служебная организация «Флаг», «Флагманская служебная организация», «Морская организация», «Фонд спасения детей и подростков от наркотиков», «Московский центр дианетики». Руководящим органом выступает Правление. Отделения существуют в городах Екатеринбурге, Перми, Обнинске, в Москве Московской области и других регионах.
1996 — 15 декабря Государственная Дума РФ приняла постановление, в котором «Церковь саентологии» классифицирована как деструктивная религиозная организация.
15 марта 2007 года Саентологическая церковь г. Москвы выиграла дело против России в Европейском суде по правам человека за отказ Управления юстиции г. Москвы в перерегистрации организации.
2007 — В Санкт-Петербурге решением городского суда ликвидирована общественная организация «Саентологический центр». 21 ноября Верховный суд РФ утвердил это решение и оно вступило в законную силу. По данным Минюста, центр занимался платным образованием и оказанием медицинских услуг, не имея на то соответствующих лицензий (в решении суда процедуры одитинга, практиковавшиеся в Саентологическом центре, названы «неквалифицированным вмешательством в сферу сознания человека»). Кроме того, саентологи использовали несовершеннолетних, занимались «незаконным сбором информации о частной жизни» (бесплатный «тест на стресс»). Также центр нарушал налоговое, финансовое и трудовое законодательство.
2007 — Члены петербургского «Саентологического центра» готовы обжаловать решение Верховного суда о ликвидации своей организации. Как заявили в «Саентологическом центре», там считают «решение суда незаконным и необоснованным, что оно нарушает фундаментальные права человека в демократическом обществе. Саентология по-прежнему будет доступна любому человеку в Санкт-Петербурге.» В конце октября 2007 г. Международная академия общественных наук наградила Саентологический Центр грамотой «За обустройство Земли Российской».
2008 — сотрудниками УВД и прокуратуры Кировского района Санкт-Петербурга был проведён обыск в петербургском отделении Церкви саентологии, в ходе которого изъяты две коробки с записями исповедей саентологов. Согласно информации правоохранительных органов, обыск проводился по жалобе бывшего члена организации, опасавшегося, что его личные данные будут каким либо образом использованы. Представители Церкви саентологии письменно заверяли своего прихожанина, что никаких причин для опасений нет. После обнаружения сотрудниками правоохранительных органов коробок, содержащих исповеди членов организации, они были незамедлительно изъяты, несмотря на протесты сотрудников отделения.
2009 — Индустриальный районный суд Барнаула ликвидировал Барнаульскую городскую общественную организацию "Гуманитарный центр «Дианетика». Причиной судебного процесса стала прокурорская проверка, проведённая совместно с сотрудниками Управления Федеральной регистрационной службы России по Алтайскому краю, по факту которой были обнаружены грубые нарушения требований действующего законодательства, включая религиозную деятельность по распространению и обучению саентологии, через направление в религиозное объединение «Сайентологическая церковь Москвы», что противоречило Федеральному закон от 19.05.1995 г. № 82-ФЗ «Об общественных объединениях». Также основанием для ликвидации послужило неравноправное положение членов организации в системе взносов в зависимости от времени членства и степени овладения учением Хаббарда. Кассационная жалоба саентологов была отклонена Алтайским краевым судом и решение Индустриального суда Барнаула осталось в силе.
21 апреля 2010 года в России Сургутский городской суд Ханты-Мансийского автономного округа-Югры признал ряд материалов саентологов авторства Рона Хаббарда экстремистскими и постановил внести их в Федеральный список экстремистских материалов. Проведенная по ходатайству прокурора Сургутской транспортной прокуратуры психолингвистическая экспертиза специалистов в области психиатрии, психологии и социологии Религиоведческого совета при Губернаторе ХМАО-Югры, изъятой в ходе проверки прокуратурой и Ханты-Мансийской таможней, литературы и аудио- и видеоматериалов, выявила наличие идей, оправдывающих насилие как таковое, в том числе способы противодействия критикам саентологии, а также скрытые призывы к социальной и религиозной розни, призывы к воспрепятствованию законной деятельности государственных органов, совершению преступлений по мотивам идеологической и религиозной ненависти. По сообщению прокуратуры от 21 апреля 2010 года, материалы будут включены в федеральный список экстремистских материалов и запрещены к распространению. Церковь саентологии заявила о намерении обжаловать решение в вышестоящей инстанции, полагая, что оно принято с нарушениями Конституции РФ. Все материалы Хаббарда исключены из федерального списка экстремистских материалов по повторному определению Сургутского городского суда от 14 апреля 2011 г.
30 июня 2011 года Щёлковский городской суд Московской области признал экстремистскими 8 работ Рона Хаббарда.
20 марта 2012 года Московский областной суд при рассмотрении кассационной жалобы саентологов подтвердил правомерность решения Щелковского городского суда. Согласно решению областного суда, книга «Что такое саентология?» и некоторые другие брошюры Р. Хаббарда подлежат включению в Федеральный список экстремистских материалов и запрету к распространению на территории Российской Федерации.
7 июня 2012 года в Калининграде было возбуждено уголовное дело против руководителя тренинговой компании, являющейся членом Международного института саентологических предприятий (англ.) русск. (WISE) и использующей сайентологические технологии управления в персональном консультировании для предпринимателей — руководителей и сотрудников фирм. Его подозревают в незаконном предпринимательстве. По предварительным данным, доход компании от незаконной образовательной деятельности в год составлял от 2 до 4 млн рублей.
15 ноября 2012 года Агентство по делам религий лишило Церковь саентологии статуса религиозного объединения на территории Республики Казахстан.
21 августа 2013 года Московский городской суд в своём определении оставил без изменения решение Гагаринского районного суда, подтвердив законность вынесенного Главным управлением Министерства юстиции Российской Федерации по г. Москве предупреждения «Саентологической церкви г. Москвы» о несоответствии её деятельности указанной в уставе требованиям Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях»: в её наименовании не содержится указания на организационно-правовую форму и вероисповедание, а также осуществляется деятельность за пределами установленной территории. Также было выявлено, что слово «саентология» является зарегистрированным товарным знаком, правообладателем которого является «Центр религиозной технологии» расположенный в США, что «противоречит требованиям статьи 28 Конституции Российской Федерации, гарантирующей каждому свободу совести и вероисповедания», поскольку «одновременное использование указанного слова в качестве наименования вероисповедания ограничивает права третьих лиц». Также было установлено нецелевое расходование денежных средств организации в размере более 68 млн рублей. Кроме того, Главным управлением Министерства юстиции Российской Федерации по г. Москве было принято решение о проведении государственной религиоведческой экспертизы. Верховный Суд Российской Федерации отклонил жалобу адвокатов саентологов о недопустимости проведения религиоведческой экспертизы.
Отношения Церкви саентологии с иными религиозными объединениями «Церковь саентологии» совместно с Международным обществом сознания Кришны создала Американскую конференцию по религиозным движениям (г. Роквилл, штат Мэриленд) (англ. American Conference on Religious Movements) для борьбы с ущемлением прав новых религиозных движений. Также участником организации является Церковь объединения производящая ежемесячный членский взнос в размере $ 3000.
27 февраля 1996 года Президент Правления «Саентологической церкви г. Москвы» Владимир Куропятник направил официальное письмо главе Церкви объединения Сан Мён Муну с выражением дружбы и предложением о сотрудничестве.